Tras los acontecimientos del 10 de noviembre en la Villa de Los Santos, la independencia de Panamá ya era un hecho. Todo esto y la circunstancia de que un panameño ocupara el primer puesto del país, avivó en los istmeños la idea de emanciparse por sus solos esfuerzos de España, considerando que José de Fábrega no haría una oposición invencible al propósito de libertar su propia patria. A raíz de estos acontecimientos, el coronel José de Fábrega, ya identificado con los patriotas, convocó el 20 de noviembre a una reunión en su propia casa, a la cual asistieron todas las fuerzas políticas, civiles y eclesiásticas, pertenecientes principalmente a la élite criolla.
Lo propuesto en dicha junta, no fue el repudio a los acontecimientos originados con la proclamación de independencia de la Villa de Los Santos, sino la organizada coordinación de la revolución mediante la consulta popular. Pero suponiendo como natural la resistencia de la guarnición a todo movimiento de independencia y para destruir ese peligro, acordaron los patriotas comenzar la deserción en filas del elemento militar, reuniendo para el caso un fondo con el concurso pecuniario de varias prominentes personas. Inclusive la Iglesia católica apoyaba el movimiento independentista de Panamá y contribuyó con fondos para la causa. Fue entonces, mediante sobornos, que el ejército español comienza desertar de tal manera que apenas quedaban soldados suficientes para el servicio en las cárceles y cuarteles. Sin embargo, ante el temor de cualquier represalia por parte de España hacia el movimiento independentista, los istmeños habían conformado un ejército, de manera incipiente, con palos, piedras y algunos mosquetes y fusiles, dispuestos a combatir para asegurar la independencia.
El 28 de noviembre de 1821, en un cabildo abierto en la Ciudad de Panamá, se proclama la “Independencia de Panamá”. Pero la falta de presupuesto, el poco armamento militar con el que se contaba y la inseguridad de ser reconquistados por España, pone en peligro el seguir con la aventura independentista del istmo, por lo que se propone la unión al Perú, que había sido el principal socio comercial del Istmo en la época colonial. Pero finalmente, mediante el voto popular y aprobación de toda la población, se decide la unión voluntaria a la Gran Colombia de Simón Bolívar, unión que fue motivada debido a la gran admiración y liderazgo de Bolívar en las campañas independentistas del Sur de América. Panamá se une a Colombia, a cuyo Congreso iría a representar oportunamente su diputado. Una vez proclamada, se procedió a redactar el Acta de Independencia de Panamá.
Daniel F. O’Leary fue el encargado de entregar a José de Fábrega la Carta del libertador Simón Bolívar.
Sin embargo, dos días después de proclamada la independencia, es decir, el 30 de noviembre, durante la ceremonia formal de juramentación del nuevo gobierno ya a cargo de Fábrega, un suceso inesperado que conmocionó a la nueva nación, puso a prueba la voluntad y capacidad del recién nombrado gobernador: dos fragatas de guerra de la marina española, La Prueba y La Venganza, de cincuenta y cuarenta y cuatro cañones respectivamente, acompañadas de otros navíos pertenecientes a la flota del mariscal Mourgeon, amanecieron en la isla de Taboga, ubicada en el Pacífico en la bahía de Panamá frente a la ciudad, para buscar al resto de las tropas españolas en el istmo. Inmediatamente, Fábrega ordenó que todo hombre apto para tomar un fusil o una espada, se armase y prestase servicio en defensa de la nación ya emancipada.
Una vez más, las habilidades diplomáticas y la fortaleza de carácter de Fábrega, lograron producir una tregua, que les permitió a los navíos españoles permanecer en las aguas que comenzaban a reconocerse como colombianas, lo estrictamente necesario para reabastecerse y partir. El coronel Fábrega sabía que un enfrentamiento militar con los españoles hubiese dejado graves secuelas. Los capitanes españoles José de Villegas y Joaquín de Soroa, firman un tratado de paz con el coronel José de Fábrega (ascendido a general de brigada y nombrado jefe civil y militar del Istmo por Simón Bolívar) el 4 de enero de 1822, entre la monarquía española y los patriotas, donde acuerdan la no agresión a los territorios del istmo y la retirada de las tropas y todos los barcos de la Corona Española de la nueva nación istmeña. Fue su primer conflicto como gobernante, que se resolvió satisfactoriamente, y su gobierno inició con bases sólidas.
Simón Bolívar, supo en enero de 1822 de la independencia de Panamá, y desde su Cuartel General de Popayán destacó a uno de sus edecanes, el capitán Daniel Florencio O’Leary, para que se trasladara a Panamá como portador de una nota laudatoria para Fábrega (el VERDADERO libertador de Panamá de España) y para que presentara a los istmeños las felicitaciones a que eran acreedores por la libertad de su patria.
